Archivace účetních dokladů: lhůty a skartace

Ve zkratce: Účetní jednotky uchovávají účetní doklady, účetní knihy, inventurní soupisy, odpisové plány a účtový rozvrh 5 let od konce účetního období, kterého se týkají. Účetní závěrku, výroční zprávu a daňové doklady k DPH uchovávají příslušní uchovatelé 10 let. Mzdové listy potřebné pro důchodové pojištění se obvykle uchovávají 45 let. OSVČ s daňovou evidencí se řídí lhůtou pro stanovení daně. Doklady lze skartovat teprve po uplynutí všech použitelných lhůt a při splnění dalších povinností.

Archivace účetních dokladů není jen administrativní rutina. Špatně nastavené lhůty znamenají, že buď zbytečně skladujete tuny papíru, nebo naopak skartujete dokument, který po vás za pět let bude chtít finanční úřad či správa sociálního zabezpečení. Tento průvodce shrnuje všechny zákonné lhůty platné pro rok 2026, ukazuje, od kdy se počítají, kdy se prodlužují a jak doklady správně a bezpečně skartovat.

Pro menší papírový archiv, který nechcete držet v kanceláři, může být alternativou pronajatý skladovací box. Srovnání self storage a profesionální spisovny včetně orientační kapacity krabic najdete v průvodci archivací firemních dokumentů. Zákonné lhůty, ochranu osobních údajů a dohledatelnost dokladů ale musíte zajistit bez ohledu na místo uložení.

Jak dlouho se archivují účetní doklady v roce 2026?

Délka archivace závisí na druhu dokumentu a na zákoně, který ji ukládá. Pro účetnictví platí zákon č. 563/1991 Sb., o účetnictví, pro daňové doklady zákon č. 235/2004 Sb., o DPH, a pro mzdovou a personální agendu zejména zákon č. 582/1991 Sb., o organizaci a provádění sociálního zabezpečení. Tyto tři předpisy se kombinují, takže u jednoho dokumentu může platit více lhůt současně. Vždy platí ta nejdelší.

Zdroj: zákon č. 563/1991 Sb., zákon č. 235/2004 Sb. a zákon č. 582/1991 Sb., ve znění účinném pro rok 2026.

Praktický důsledek je jednoduchý: běžnou přijatou fakturu, která zároveň slouží jako daňový doklad u plátce DPH, neuchováváte 5 let podle zákona o účetnictví, ale 10 let podle zákona o DPH. Pokud si nejste jistí, jakou roli konkrétní dokument hraje, podívejte se na přehled v článku účetní doklady.

Od kdy se archivační lhůta počítá?

Toto je nejčastější zdroj chyb. Lhůta neběží od data vystavení dokladu, ale od konce příslušného období.

• U účetních dokladů běží lhůta od konce účetního období, kterého se záznamy týkají (§ 31 odst. 2 zákona o účetnictví). Fakturu vystavenou 15. března 2026 tak archivujete od 31. prosince 2026 po dobu 5 let, tedy do konce roku 2031.
• U daňových dokladů k DPH běží 10letá lhůta od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo (§ 35 odst. 2 zákona o DPH).
• U mzdových listů plyne 45letá lhůta podle počtu kalendářních let následujících po roce, kterého se dokumenty týkají (§ 35a odst. 4 zákona o organizaci a provádění sociálního zabezpečení).

Modelový příklad: kdy mohu skartovat fakturu z roku 2026?

Jste plátce DPH a v dubnu 2026 přijmete fakturu za zboží. Tato faktura je zároveň daňovým dokladem.

1. Účetní hledisko (§ 31 zákona o účetnictví): lhůta 5 let běží od 31. 12. 2026, konec 31. 12. 2031.
2. DPH hledisko (§ 35 zákona o DPH): u měsíčního plátce a plnění uskutečněného v dubnu 2026 běží lhůta 10 let od konce dubnového zdaňovacího období, konec 30. 4. 2036. U čtvrtletního plátce by to bylo 30. 6. 2036.
3. Platí delší lhůta. Měsíční plátce může fakturu při absenci dalších důvodů úschovy skartovat nejdříve 1. 5. 2036.

Jak dlouho archivovat faktury, když nejsem plátce DPH?

Samotný status neplátce DPH neurčuje jednu archivační lhůtu. Pokud vedete účetnictví, uchováváte účetní doklady zpravidla 5 let od konce účetního období podle § 31 zákona o účetnictví. Pokud jako OSVČ vedete daňovou evidenci, § 7b odst. 5 zákona o daních z příjmů vyžaduje uchovávat ji za všechna období, za která neuplynula lhůta pro stanovení daně; nejde o pevnou pětiletou lhůtu. Lhůta pro stanovení daně je obecně tříletá, ale její běh se může změnit (§ 148 daňového řádu). I při uplatnění výdajů procentem z příjmů si ponechte podklady nutné k prokázání příjmů a splnění dalších povinností.

Desetiletá lhůta podle § 35 zákona o DPH se může týkat také identifikované osoby u přijatých plnění nebo osoby, která daňový doklad podle tohoto zákona vystavila. Proto vždy posuďte konkrétní doklad a svou roli, nejen to, zda jste plátcem DPH.

Pozor také na delší lhůtu pro stanovení daně, například při daňové ztrátě, a na další právní důvody úschovy. Po dobu, po kterou může finanční úřad daň stanovit, ponechte podklady potřebné k prokázání daňových tvrzení, i kdyby již uplynula účetní pětiletá lhůta.

Kdy se archivační lhůta prodlužuje?

Zákonná lhůta je minimum. V řadě situací se však prodlužuje, a to i bez vašeho zavinění. Podle § 32 zákona o účetnictví musíte účetní záznamy uchovávat déle, pokud:

• jsou nebo mohou být předmětem daňového řízení (uchovávají se až do jeho skončení),
• jsou předmětem řízení o sociálním nebo zdravotním pojištění,
• vyplývá to ze zvláštního zákona (typicky zákona o archivnictví, zákona o DPH nebo zákona o organizaci sociálního zabezpečení),
• je dokument potřebný pro uplatnění nároku v jiném řízení (například soudním nebo správním).

Jinými slovy: dokud běží jakákoli kontrola, řízení nebo spor, do kterého doklad spadá, skartovat nesmíte, ani kdyby standardní lhůta dávno uplynula. To je nejčastější past při skartaci. Než cokoli zlikvidujete, ověřte, že k dokladu neběží žádné řízení.

Jak dlouho se uchovávají mzdové a personální doklady?

Mzdová a personální agenda má vlastní, mnohem delší lhůty, protože dokumenty slouží jako podklad pro budoucí výpočet důchodů.

• Mzdové listy a účetní záznamy o údajích potřebných pro účely důchodového pojištění se uchovávají 45 kalendářních let následujících po roce, kterého se týkají (§ 35a odst. 4 zákona č. 582/1991 Sb.). Tato lhůta byla prodloužena z původních 30 let zákonem č. 455/2022 Sb. s účinností od 1. 1. 2023, a to s ohledem na zvyšující se důchodový věk.
• U mzdových listů poživatelů starobního důchodu činí lhůta jen 10 kalendářních let následujících po roce, kterého se týkají.
• Stejnopisy evidenčních listů důchodového pojištění za období před rokem 2026 se podle přechodného ustanovení zákona č. 360/2025 Sb. uchovávají podle dřívějšího § 35a odst. 4 písm. a) zákona č. 582/1991 Sb.; typicky 3 kalendářní roky po roce, kterého se týkají, byly-li vyhotoveny v tomto nebo bezprostředně následujícím roce. U později vyhotovených stejnopisů se lhůta počítá od roku vyhotovení. Pro období od roku 2026 se běžné evidenční listy u většiny zaměstnanců již nevedou; zvláštní pravidla zůstávají například pro příslušníky ozbrojených sil (§ 38).

Vedle těchto lhůt existují i další provozní lhůty pro personální dokumenty (například záznamy a doklady o údajích potřebných pro provádění nemocenského pojištění se podle § 96 zákona č. 187/2006 Sb., o nemocenském pojištění, uchovávají zpravidla 10 kalendářních let), které vyplývají z příslušných předpisů o sociálním zabezpečení. Pro jistotu vždy ověřte konkrétní druh dokumentu, protože mzdová agenda kombinuje účetní, daňové i pojistné lhůty.

Lze doklady archivovat elektronicky?

Ano. Zákon nepředepisuje papírovou podobu. Daňové doklady lze podle § 35a zákona o DPH uchovávat elektronicky, a to i tehdy, byly-li vystaveny v listinné podobě (a naopak). Po celou dobu archivace ale musíte zajistit tři vlastnosti, které u dokladu definuje § 34 zákona o DPH a které je uchovatel povinen podle § 35 zajistit po celou dobu uchovávání:

• věrohodnost původu (jistotu, kdo doklad vystavil),
• neporušenost obsahu (že obsah nebyl po vystavení změněn),
• čitelnost dokladu po celou dobu jeho uchovávání.

V praxi se věrohodnost a neporušenost zajišťuje uznávaným elektronickým podpisem, elektronickou pečetí nebo kvalifikovaným elektronickým časovým razítkem, případně auditní stopou spolehlivě propojující doklad s plněním. Pro dlouhodobou čitelnost se doporučuje formát PDF/A. Stejné principy věrohodnosti, neporušenosti a čitelnosti platí i pro účetní záznamy v elektronické podobě podle zákona o účetnictví.

Pokud skenujete papírové doklady a originály chcete skartovat, musí být převedená elektronická kopie pořízena tak, aby splnila uvedené tři podmínky. Jinak vám hrozí, že při kontrole nebude elektronická verze uznána a původní listinný doklad už nebudete mít.

Jak správně skartovat účetní doklady?

Skartace znamená zničení dokumentů po uplynutí archivační lhůty. U běžného podnikatele, který není tzv. původcem s povinností výběru archiválií, nejde o formální skartační řízení podle archivního zákona, ale o praktickou likvidaci. Přesto je vhodné postupovat systematicky.

1. Zkontrolujte lhůtu. U každého souboru dokladů ověřte, že uplynula nejdelší z lhůt, které se na něj vztahují (účetní, DPH, sociální pojištění).
2. Vyřaďte doklady v řízení. Ujistěte se, že k žádnému dokladu neběží daňová kontrola, soudní spor ani jiné řízení podle § 32 zákona o účetnictví.
3. Zvažte zájem archivu. Některé organizace (zejména obchodní společnosti) mohou mít povinnost nabídnout vybrané dokumenty k posouzení příslušnému státnímu archivu podle zákona č. 499/2004 Sb., o archivnictví. Pokud se vás to týká, proveďte skartační řízení až po jeho stanovisku.
4. Zničte doklady bezpečně. Listinné dokumenty obsahují osobní a daňové údaje. Skartujte je tak, aby je nešlo zneužít (skartovačka, certifikovaná skartační firma). U elektronických dat zajistěte trvalé smazání včetně záloh.
5. Veďte záznam o skartaci. Doporučuje se sepsat jednoduchý skartační protokol s uvedením, jaké dokumenty a za jaké období byly zničeny a kdy.

Jaké jsou nejčastější chyby při archivaci dokladů?

• Počítání lhůty od data vystavení. Lhůta běží až od konce účetního, respektive zdaňovacího období, nikoli ode dne na faktuře. Tím se reálná doba archivace prodlužuje až o téměř celý rok (u dokladu z počátku roku), u dokladu z konce roku je prodloužení minimální.
• Použití kratší lhůty u faktury, která je daňovým dokladem. U plátce DPH platí 10 let podle zákona o DPH, ne 5 let podle zákona o účetnictví.
• Skartace v průběhu daňové kontroly. Dokud běží řízení, doklady nelze zničit, i kdyby standardní lhůta uplynula (§ 32 zákona o účetnictví).
• Zapomenutí na mzdové listy. Tyto dokumenty se uchovávají 45 let. Jejich skartace spolu s běžnými účetními doklady po 5 nebo 10 letech je vážné pochybení.
• Skenování bez zajištění věrohodnosti. Pokud naskenovaný doklad nesplňuje podmínky podle § 34 a § 35 zákona o DPH a originál skartujete, riskujete, že elektronická kopie nebude při kontrole uznána.

Shrnutí

Pro správnou archivaci v roce 2026 rozlišujte, zda vedete účetnictví, daňovou evidenci a zda jste uchovatelem daňových dokladů pro DPH. Pět let platí pro běžné účetní doklady účetních jednotek, deset let pro účetní závěrku a daňové doklady k DPH a obvykle 45 let pro mzdové listy. Daňová evidence nemá pevnou pětiletou lhůtu. Vždy uplatněte všechny lhůty, které se na dokument vztahují, a před skartací ověřte další důvody úschovy.

Často kladené otázky

Jak dlouho musím archivovat faktury jako plátce DPH?

Faktura, která je zároveň daňovým dokladem, se u plátce DPH uchovává 10 let od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo (§ 35 odst. 2 zákona č. 235/2004 Sb.). Tato lhůta má přednost před obecnou pětiletou lhůtou pro účetní doklady.

Od kdy se počítá archivační lhůta?

Lhůta běží od konce účetního, respektive zdaňovacího období, kterého se doklad týká, nikoli od data jeho vystavení. Doklad z března 2026 se tak začíná počítat až od 31. 12. 2026.

Můžu doklady uchovávat jen elektronicky a papírové originály vyhodit?

Ano, daňové doklady lze podle § 35a zákona o DPH uchovávat elektronicky. Musíte ale po celou dobu archivace zajistit věrohodnost původu, neporušenost obsahu a čitelnost dokladu (tyto tři vlastnosti definuje § 34 zákona o DPH). Pokud převedená kopie tyto podmínky nesplní, hrozí, že nebude uznána.

Jak dlouho se archivují mzdové listy?

Mzdové listy a evidence pro účely důchodového pojištění se uchovávají 45 kalendářních let následujících po roce, kterého se týkají (§ 35a odst. 4 zákona č. 582/1991 Sb.). U mzdových listů poživatelů starobního důchodu je lhůta 10 let.

Co se stane, když doklad skartuji předčasně?

Předčasná skartace je porušením povinnosti uchovávat účetní záznamy. Při daňové kontrole nesete důkazní břemeno, a chybějící doklad může vést k doměření daně a sankcím. Pokud doklad zničíte v průběhu probíhajícího řízení, jde o závažné pochybení podle § 32 zákona o účetnictví.

Prodlužuje se archivační lhůta při daňové kontrole?

Ano. Podle § 32 zákona o účetnictví se doba uchovávání prodlužuje, jsou-li doklady předmětem daňového řízení, řízení o sociálním nebo zdravotním pojištění nebo jiného řízení. Skartovat smíte až po jeho skončení.

Jak dlouho zpětně může finanční úřad doměřit daň?

Při určování skartačního data nestačí mechanicky přičíst tři roky. Lhůta pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu může být ovlivněna dalšími úkony a u daňové ztráty má zvláštní běh; obecné desetileté maximum má výjimky například při pravomocně rozhodnutém daňovém trestném činu (§ 148 odst. 6 a 7). Skartační plán proto eviduje nejen typ dokladu, ale i zdaňovací období a události, které lhůtu mění. Procesní souvislosti shrnuje článek daňová kontrola.

Jaké doklady musím při daňové kontrole předložit a jak dlouho je mám uchovávat?

Archiv musí umožnit dohledat souvislou důkazní stopu: doklad, smlouvu či objednávku, úhradu, zaúčtování a vazbu na konkrétní přiznání. Skartační lhůtu nastavte podle nejdelší relevantní povinnosti pro daný dokument, ne podle nejkratší obecné lhůty. Náležitosti a vedení záznamů rozebírá článek účetní doklady.