Daňová kontrola: jak probíhá a co dělat

Daňová kontrola krok za krokem: průběh, práva a povinnosti, rozdíl proti postupu k odstranění pochybností, lhůty pro doměření a archivaci dokladů.

Obsah článku

Ve zkratce: Daňová kontrola je postup, kterým finanční úřad prověřuje, zda jste daň přiznali a uhradili ve správné výši. Řídí se daňovým řádem (zákon č. 280/2009 Sb., § 85 a násl.), zahajuje se oznámením o zahájení kontroly a končí projednáním a podpisem zprávy o daňové kontrole. V jejím průběhu nesete důkazní břemeno (§ 92 odst. 3) – musíte doložit údaje uvedené v přiznání. Daň lze doměřit jen ve lhůtě pro stanovení daně podle § 148, která činí zpravidla 3 roky, nejdéle však 10 let.

Tento přehled vysvětluje, jak kontrola probíhá, čím se liší od postupu k odstranění pochybností, jaká máte práva i povinnosti, jak dlouho zpětně může úřad daň doměřit a jak dlouho je proto potřeba uchovávat doklady. Navazuje na článek o daňovém přiznání OSVČ.

Jak daňová kontrola probíhá

Daňová kontrola se zahajuje doručením oznámení o zahájení daňové kontroly, ve kterém správce daně vymezí její předmět a rozsah (kterou daň a období prověřuje). V průběhu může nahlížet do účetnictví a daňové evidence, vyzvat vás k předložení dokladů a vysvětlení, provádět místní šetření nebo vyslýchat svědky. Vy máte povinnost součinnosti a zároveň právo být u jednání přítomni, klást otázky a navrhovat důkazy.

Kontrola se uzavírá tím, že vás správce daně seznámí s výsledkem kontrolního zjištění a umožní se k němu vyjádřit. Výsledek shrne do zprávy o daňové kontrole (§ 88), kterou s vámi projedná a kterou oba podepíšete. Pokud z kontroly vyplyne rozdíl, vydá úřad dodatečný platební výměr; proti němu se můžete do 30 dnů odvolat. S doměřenou daní bývá spojené penále a úrok z prodlení (§ 251 a § 252 daňového řádu).

Časté otázky

Co mám dělat, když mi přijde výzva z finančního úřadu?

Nejdřív si přečtěte, oč jde a do kdy máte reagovat – výzvy mají vždy uvedenou lhůtu a paragraf daňového řádu, podle kterého správce daně postupuje (zákon č. 280/2009 Sb.). Nejčastější je výzva k odstranění pochybností, kdy úřad našel v přiznání nesrovnalost a chce ji vysvětlit nebo doložit. Reagovat se vyplatí vždy: na výzvu odpovězte, pošlete požadované doklady a vysvětlení, ideálně přes datovou schránku nebo portál Moje daně, abyste měli doklad o podání.

Když lhůtu nestíháte, můžete úřad ještě před jejím uplynutím požádat o její prodloužení. Pokud na výzvu nezareagujete vůbec, hrozí, že vám správce daně stanoví daň podle pomůcek (z vlastních zjištění a odhadu) bez ohledu na vaše skutečné údaje – to bývá pro daňový subjekt nevýhodné. Při složitější výzvě (například k DPH nebo většímu doměrku) je rozumné přizvat účetního nebo daňového poradce.

Jaký je rozdíl mezi daňovou kontrolou a postupem k odstranění pochybností?

Postup k odstranění pochybností (POP) je rychlejší a užší nástroj. Správce daně ho zahájí výzvou, když má v konkrétním přiznání pochybnost o jednom či několika údajích – chce, abyste je vysvětlili nebo doložili. Typicky řeší jeden problém, třeba neuznatelný výdaj nebo nadměrný odpočet DPH, a po vyjasnění končí.

Daňová kontrola je širší a důkladnější prověření – úřad systematicky kontroluje celé přiznání nebo i více zdaňovacích období a má širší oprávnění (nahlížení do účetnictví, výslechy, místní šetření). Probíhá podle daňového řádu (zákon č. 280/2009 Sb.), zahajuje se a uzavírá formálně a její výsledek se shrnuje do zprávy o daňové kontrole. Pokud se pochybnost při POP nepodaří odstranit, může na něj daňová kontrola navázat.

Jaká mám při daňové kontrole práva a povinnosti?

Mezi vaše hlavní povinnosti patří součinnost se správcem daně podle daňového řádu (zákon č. 280/2009 Sb.): umožnit přístup k účetnictví a daňové evidenci, předkládat doklady, podávat vysvětlení a zajistit součinnost pro průběh kontroly. Důkazní břemeno přitom nese daňový subjekt – musíte umět prokázat to, co jste uvedli v přiznání.

Máte ale i řadu práv: být přítomen jednání, klást otázky svědkům, navrhovat důkazy, nahlížet do spisu a vyjádřit se k výsledku kontroly před jejím ukončením. Můžete se nechat zastoupit účetním nebo daňovým poradcem. Závěry kontroly úřad shrne do zprávy o daňové kontrole, se kterou vás seznámí; pokud s doměřenou daní nesouhlasíte, můžete se proti platebnímu výměru odvolat.

Jak dlouho zpětně může finanční úřad doměřit daň?

Daň lze doměřit jen v rámci lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu (zákon č. 280/2009 Sb.). Základní lhůta je tříletá a běží od posledního dne lhůty pro podání řádného přiznání. Po jejím uplynutí už správce daně daň doměřit nemůže.

Lhůta se ale může prodlužovat a přerušovat – například zahájením daňové kontroly, podáním dodatečného přiznání v posledních měsících běhu lhůty nebo doměřením v této době. Souhrnně nesmí lhůta pro stanovení daně přesáhnout deset let. Zvláštní pravidla platí u daňové ztráty, kde se lhůta odvíjí od období, v němž lze ztrátu uplatnit. Proto se účetní doklady doporučuje uschovávat až do konce této lhůty.

Jaké doklady musím při daňové kontrole předložit a jak dlouho je mám uchovávat?

Při kontrole musíte doložit vše, čím prokazujete údaje z přiznání: daňovou evidenci nebo účetnictví, faktury a účtenky k příjmům i výdajům, bankovní výpisy, smlouvy, evidenci majetku a u plátce DPH také daňové doklady a evidenci pro účely DPH. Důkazní břemeno nese daňový subjekt – pokud výdaj nebo nárok nedoložíte, úřad ho nemusí uznat a může daň doměřit.

Doklady proto uchovávejte po celou dobu, po kterou vám lze daň doměřit. Účetní záznamy se obecně archivují několik let podle zákona o účetnictví a daňové doklady pro účely DPH podle zákona o DPH; prakticky se vyplatí navázat archivaci na lhůtu pro stanovení daně. Vedení dokladů a evidence rozebírá článek účetní doklady.

Daně · Aktualizováno: červen 2026

Ověřeno podle zákona č. 280/2009 Sb. (daňový řád), zejména § 85–90, § 92, § 148 a § 251–252, a informací Finanční správy k 2026-06-20.

Oficiální zdroje